原发性甲状腺功能减退症是甲状腺本身出了问题，从而出现的甲状腺功能减退，根据甲状腺功能减退发生的部位可分为三大类，病变在甲状腺本身，叫原发性甲状腺功能减退。如果病变出现在脑垂体，叫继发性甲状腺功能减退。如果病变部位进一步升高，在下丘脑叫散发性的甲状腺功能减退症。
90%的甲状腺功能减退是原发性甲状腺功能减退症，造成原发性甲减最常见的病因是甲状腺自身免疫性的炎症，甲状腺手术切除或者碘-131治疗甲亢造成原发性甲状腺功能减退症。继发性的甲状腺功能减退症，是由于垂体受到损伤，比如炎症、肿瘤手术，散发性的病因是由于下丘脑出现的病变。根据甲状腺激素的测定和促甲状腺激素水平，有助于诊断原发性甲状腺功能减退症，尽管有不同的部位，但治疗的方法都是使用左甲状腺激素进行替代治疗。