急性感染性心内膜炎首先要用抗生素进行抗感染治疗，早期应用，足量用药，以静脉用药为主。由于急性感染性心内膜炎多是由于金黄色葡萄球菌、链球菌和革兰氏阴性杆菌导致的，在病原微生物不明时，可以使用针对这三种均有效的广谱抗生素；若分离出病原微生物时，要根据致病微生物种类选择对疾病敏感性较强的抗生素；如果内科治疗不能控制，或者药物不能控制感染时，可以考虑手术治疗。