每天早上起床肾疼的原因可能包括2个方面，第1方面是肾脏本身的问题，包括肾脏结石、囊肿等。第2是局部的肌肉、关节、筋膜的问题导致。其中，肾结石可以导致肾区的疼痛，而肾囊肿或肾肿瘤压迫到肾盂或者牵拉到肾脏包膜的时候，也会导致患者出现肾区疼痛。此外，患者肾脏出现结核也会导致患者出现肾区疼痛。
另外，肾外性的原因主要是肾区附近的肌肉、关节、筋膜的疾病导致，这个原因可能和腰椎间盘突出、固定姿势或者腰扭伤、腰肌劳损等有一定的关系。