食物不耐受症的高风险人群包括婴幼儿、缺乏某种消化酶人群等。
1、婴幼儿：特别是父母双亲或者单亲为食物不耐受症者的婴幼儿，更容易患病，其胃肠功能发育不完善，消化酶缺乏或者活性不足，初次添加食物，更容易患病。
2、缺乏某种消化酶人群：先天性某些消化酶缺乏，或者后天因素导致某些消化酶缺乏或者酶活性减低，可诱发、加重患病。