亚急性感染性心内膜炎中，自体瓣心内膜炎的致病菌最常见的是草绿色链球菌，其次是肠球菌、牛链球菌、表皮葡萄球菌。其他细菌比较少见，如真菌、立克次体和衣原体。人工瓣膜心内膜炎的常见致病菌是肠球菌、革兰阴性杆菌、葡萄球菌和链球菌。静脉药瘾者心内膜炎的常见致病菌是金黄色葡萄球菌，其次为链球菌、革兰阴性杆菌和真菌。