脑炎的后遗症可以出现头痛、头晕、精神行为异常、认知功能障碍，比如记忆力、计算力、视空间能力下降，出现癫痫发作、言语障碍、运动障碍，比如肢体偏瘫，出现肢体麻木、不自主运动，比如出现肢体震颤或舞蹈样动作等。还可能会出现意识水平的下降或昏迷，或者导致自主神经功能障碍，比如出现窦性心动过速、窦性心动过缓、流口水、低血压、中枢性发热等。