多发脑脓肿首先需要应用抗生素治疗，但是大多数的抗生素很难透过血脑屏障，所以对于脑脓肿的效果不好，可以选用美罗培南或者万古霉素。而脓肿还会刺激导致周围的脑水肿，所以需要应用一些消肿脱水的药物，比如甘露醇。同时要进行对症处理，脓肿容易诱发癫痫，如果出现癫痫的话，可以用一些抗癫痫药物，比如丙戊酸钠。另外体温超过38.5度，需要应用退烧药物，比如布洛芬和退热栓等。