真菌性食管炎是指真菌侵入食管黏膜，造成食管感染真菌所致的炎症，以条件致病菌酵母菌，尤其白色念珠菌为主。酵母菌原是人体正常菌群，各种原因导致免疫低下，包括长期滥用抗生素、糖尿病、肿瘤晚期应用化疗药物、免疫抑制剂、反流性食管炎等，这些人群易出现真菌感染。
一、主要病因
由于真菌性食管炎的真菌感染为条件致病菌，即是人体的正常菌群，当其集聚部位病变、机体抵抗力降低或菌群失调时则可致病，故只要引起机体免疫力下降、食管部位病变，以及机体正常的微生物群间的拮抗作用失衡的因素，均是真菌性食管炎的主要病因。以上因素下致病真菌便可侵犯食管，造成食管炎性改变。
1、集聚部位病变：食管在各种因素影响下，导致食管动力障碍，食管黏膜屏障或者食管淤积也使真菌易于感染，如反流性食管炎、食管部肿瘤。
2、机体抵抗力降低：由于机体免疫功能低下或者抗原抗体反应降低，抑制真菌过度生长能力下降，故容易诱发真菌性食管炎。
3、菌群失调：各种原因破坏人体正常菌群间的生物平衡，导致真菌的过度增生及上皮感染而出现食管真菌感染，如长期接受抗生素或者长期使用制酸剂治疗者。
二、诱发因素
1、长期食用腌制食物：长期食用腌制食物，一方面容易损伤食管黏膜；另一方面腌制食物容易滋生真菌，故容易诱发真菌性食管炎。
2、长期处于潮湿、发霉的环境：潮湿、发霉环境霉菌容易滋生，故真菌因素感染机会增加。
3、长期服用抗生素、类固醇激素：长期使用上述药物，食管常驻菌群受到过度抑制，其拮抗作用失衡，真菌便可过度繁殖而感染。