小肠吸收不良综合征通常需要长期治疗，诊断明确者针对病因治疗，诊断不明确者积极进行对症治疗，补充各种营养物质、纠正水电解质及酸碱平衡的紊乱，怀疑感染者可给予抗生素治疗。
一、一般治疗
1、卧床、休息：避免重体力劳动或过度劳累，尽量卧床休息。
2、水和电解质补充：对重症腹泻病例补充水和电解质甚为重要，如补钾、钠、氯、钙等。有缺铁性贫血者应肌注补充铁剂，如山梨醇铁或右旋糖酐铁。
3、营养支持治疗：对本综合征应积极给予营养支持治疗，包括高蛋白，高能量饮食和静脉内高营养疗法如人体白蛋白、血浆、复方氨基酸等，针对性补充各种维生素，包括维生素A、维生素B、维生素C、维生素D、维生素K和叶酸，一般均以注射给药为宜，而且剂量要大。
二、药物治疗
1、抗生素：应用抗生素治疗热带口炎性腹泻疗效显著，此点不同于成人或小儿乳糜泻，宜用广谱抗生素如四环素、氨苄青霉素、卡那霉素及林可霉素。另外，肠道感染与细菌过度繁殖所致的小肠吸收不良、Whipple氏病，应用以上抗生素治疗亦有较好疗效，抗生素治疗为其主要疗法。
2、激素：治疗重症成人乳糜泻病例有惊人的疗效，能改善小肠吸收功能，缓解症状。
3、其他：腹泻频繁者可给解痉剂或氯哌酰胺以减少腹泻次数，静脉补充营养、蛋白质、各种维生素、电解质，如静脉滴注脂肪乳、白蛋白、维他利匹特N(一种含维生素A、维生素D2、维生素E、维生素K1等的乳剂)、水乐维他N(一种含维生素B1、维生素B2、维生素B6、烟酰胺、泛酸、维生素C、维生素H、维生素B12、叶酸等水溶性维生素注射液)等，必要时输血浆或全血。
三、手术治疗
本病无需手术治疗。