肌肉营养不良的总体治疗为长期持续性治疗，控制症状后也需要1年以上的康复期。一般治疗以对症支持治疗为主，药物治疗以维生素E、肌苷、尼可刹米为主，其他治疗主要是康复训练为主。
一、药物治疗
1、维生素E：是常用的抗氧化剂之一，在本病的治疗当中应用主要目的是缓解肌肉萎缩症状，促进疾病的控制。
2、肌苷：可提高机体的蛋白质和ATP水平，从而缓解肌肉无力和萎缩症状，是本病重要的辅助性药物。
3、灵孢多糖注射液：主要作用是治疗萎缩性肌强直和进行性肌营养不良，以及相关的免疫功能缺陷等症状，可有效控制本病的疾病进程。
4、尼可刹米：是常用的呼吸兴奋剂，可在患者呼吸衰竭的急性发作期及时控制症状，避免危及生命。
二、手术治疗
肌肉营养不良导致的关节挛缩、脊柱畸形等骨科疾病以及白内障等并发症，可通过手术治疗。
三、其他治疗
主要以进行康复训练为主，进行性肌肉无力及肌萎缩可导致患者的活动能力明显下降，及时进行康复治疗可缓解肌无力，减缓疾病进程。