新生儿坏死性小肠结肠炎病因和发病机制较为复杂，至今尚未完全阐明，一般认为是由多种原因联合所致。目前认为形成新生儿坏死性小肠结肠炎的主要病因可能与早产、感染与炎症、喂养、缺血缺氧等因素有关。
一、主要病因
1、早产：新生儿坏死性小肠结肠炎多发生于1500g以下的极低体重儿，因其免疫功能低下、胃肠功能不成熟、肠蠕动差、食物停留时间长，为细菌生长营造了良好环境，加之早产儿出生时又易发生窒息，造成肠壁缺氧损伤，使细菌有机会侵入。
2、感染及炎症：感染和肠壁炎症是新生儿坏死性小肠结肠炎最主要的病因，病原大多为克雷柏杆菌、大肠埃希杆菌、铜绿假单胞菌等肠道细菌。
3、肠黏膜缺氧缺血：围生期窒息、呼吸骤停、严重心肺疾病、休克、红细胞增多症、母亲孕期滥用可卡因等都可能引起肠壁血管收缩，导致肠黏膜缺血缺氧、发生坏死，同时随着恢复供氧，血管扩张充血，扩张时的再灌注会增加组织损伤。
4、肠道微生态环境的失调 ：早产儿或患病新生儿由于开奶延迟、长时间暴露于广谱抗生素等原因，肠道内正常菌群不能建立，病原菌在肠道内定植或优势菌种形成并大量繁殖，侵袭肠道，引起肠黏膜损伤。
5、喂养因素：约90%的新生儿坏死性小肠结肠炎发生于肠道喂养后的新生儿，不合理喂养如渗透压浓度太高、增量太快被认为是重要原因。此外，新生儿坏死性小肠结肠炎患儿肠道喂养配方奶发病远多于母乳喂养者。因此，尤其对于极低体重儿来说，母乳被认为是预防新生儿坏死性小肠结肠炎最理想的食品。
6、其他：临床发现，应用脐动脉或静脉插管、换血疗法，出现红细胞增多症、动脉导管开放、低体温等情况时，新生儿坏死性小肠结肠炎发生率较高。
二、诱发因素
1、过量、过快喂养：对胃肠功能发育尚不成熟的新生儿喂养过量或过快喂养，会导致食物停留，滋生细菌生长，易诱发新生儿坏死小肠结肠炎。
2、细菌感染：出生及喂养环境卫生较差、喂养物不符合新生儿食用标准者，可能出现如大肠杆菌、沙门氏菌、克雷伯杆菌等过度繁殖，侵入肠黏膜造成损伤，或引起败血症及感染性中毒性休克，加重肠道损伤。