上海三级以上医院有上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院等。上海交通大学医学院附属瑞金医院积极开展高精尖诊疗技术，如各类机器人手术、三维直播微创外科手术、心血管和神经外科杂交手术、疑难复杂的心脏大血管微创治疗与全主动脉置换手术、多种脏器联合移植、劈离式肝移植等；复旦大学附属中山医院以心脏、肝脏、肾脏和肺部疾病诊治为医院的重点和特色；复旦大学附属华山医院拥有教育部国家重点学科、卫生部国家临床重点专科、上海市重中之重临床医学中心、上海市重中之重临床重点学科多个，在各科疾病的诊疗中综合实力均较强。