空蝶鞍的具体病因并不特别清晰，但大致可以分为三大类，具体如下：
1、鞍隔孔先天性增大：即垂体窝和上方相分隔的一层膜，中间有一个孔，该孔如果先天性增大，上方的脑脊液不断冲击蛛网膜，蛛网膜就可以从增大的鞍隔孔疝入到垂体窝内。随着脑脊液搏动性的冲击，垂体慢慢受压变扁，从而在垂体窝内形成脑脊液囊，即空蝶鞍；
2、垂体一过性增大：主要由生理性或病理性因素使鞍隔孔增大，但在后续相关因素祛除之后，垂体又萎缩回垂体窝内，增大的鞍隔孔部位会有蛛网膜疝入到垂体窝内；
3、垂体病变、粘连性蛛网膜炎：可以使颅内压增高，从而造成鞍隔以上的脑脊液主动向鞍内突出，从而形成空蝶鞍的情况。另外在垂体瘤切除或者放疗之后，垂体原本增大的部位明显缩小，也可以使上方的蛛网膜疝入到鞍内，从而形成空蝶鞍。
