通常临床推崇使用短效避孕药，短效避孕药所含有的雌孕激素量较少，对于人体的激素水平影响较小。短效避孕药经常被临床医生用于治疗各种月经不调，比如多囊卵巢综合征、月经稀发、月经量较多以及青春期功血即功能性子宫出血的患者。月经量较多且月经不规律的患者，通常可使用短效避孕药建立正常的月经人工周期，从而达到使其月经正常来潮和止血的效果。对于年轻且不抽烟的患者，通常只要口服短效避孕药的方法得当，对于患者的子宫内膜便存在一定保护作用，且其避孕能效较高，可达到60%-70%以上的避孕效果。
长效避孕目前在临床的应用较少，长效避孕药的避孕时间较长，为达到长时间避孕的作用，其含有雌孕激素的含量较高，雌孕激素未必定可被稳定吸收，其避孕效率较起短效避孕药差，且长效避孕药可能对女性的内分泌影响较大。部分患者服用长效避孕药后可能出现月经量多、月经周期紊乱等情况，因此临床医生更患者推荐服用短效避孕药。
