假性胰腺囊肿是由于急性胰腺炎或胰腺外伤导致胰液大量外溢，胰液被周围大网膜等组织包裹形成。较大囊肿会引起周围脏器压迫症状，如压迫胃或十二指肠等，可导致胃不全梗阻，引起上腹部饱胀、不适，进食后加重伴恶心、呕吐。胰头部囊肿可压迫胆总管，引起梗阻性黄疸，造成肝功能损害。胰体尾部较大囊肿可以压迫肾脏或输尿管引起梗阻。胰腺反复炎症和囊肿压迫还可以导致脾静脉回流不畅，产生继发性脾大和脾功能亢进。

先天性胰腺囊肿临床上比较罕见，也可以因为囊肿出现部位而引起假性胰腺囊肿相同脏器压迫症状。肝囊肿有癌变潜在风险；潴留性囊肿由于胰管阻塞引起，发生部位多位于胰体尾部，其内壁衬覆胰管上皮，也可以因为反复炎症出血而无上皮细胞。囊液可含有多种酶，有时不易与假性胰腺囊肿鉴别。除了压迫邻近器官引起症状外，也存在癌变可能。