肺癌微创手术副作用主要为长期慢性疼痛、咳嗽，以及呼吸功能不全三方面。疼痛一般在3个月内，对症应用药物处理可慢慢缓解，咳嗽3个月到半年也能慢慢缓解甚至消失。
呼吸功能不全依据病情不同，疾病不同程度，切除肺组织大小不同，以及患者个体差异，肺功能有好有差，恢复比较困难。微创手术同样可遇到肺部感染、呼吸功能不全、脓胸、长期肺部漏气、术后二次开胸止血等。此外，可能还会导致其它系统疾病，比如心脏心源性疾病，出现房颤、冠心病。另外，下肢深静脉血栓脱落，可导致肺栓塞等严重并发症，甚至出现恶性肿瘤远期复发或转移。
