造血干细胞移植的早期并发症会出现出血、感染、面色苍白、乏力、头晕，同时造血干细胞移植会出现移植物的抗宿主病，称为GVHD。在早期100天内会出现急性GVHD，急性移植物抗宿主病会有皮肤皮疹、皮肤变黑、胃肠道腹泻，甚至出现肝脏指标升高、肝功损害，均是造血干细胞移植的早期并发症。

造血干细胞移植是骨髓干细胞整体更换的一种治疗方式，通过正常供者的骨髓干细胞整个移植到患者体内，把患者病态的骨髓干细胞全部更换，达到治愈急性白血病、多发性骨髓瘤、甚至淋巴瘤等恶性血液系统疾病的目的。因为造血干细胞移植早期要用预处理化疗方案会造成白细胞减低、红细胞减低、血红蛋白下降，甚至血小板减少。