造血干细胞移植并发症有很多，最常见移植物抗宿主病，简称GVHD，即供者的免疫系统植入患者身体内，对患者的器官产生排异，是最常见的并发症。还有感染，因为病人没有免疫功能，常常引起各种感染，包括病毒、细菌、真菌感染。

其他并发症包括出血性膀胱炎、植入不良等等，约十几种。预防移植物抗宿主病一是找合适的供者，二是免疫抑制剂治疗，大部分病人不发生或者发生很轻。如果出现比较严重的移植物抗宿主病，有很多药物进行治疗。