患者尿液发黑的主要原因如下：

1、生理性原因：饮食中摄入含深色素，尤其褐色、黑色或紫色食物，色素进入人体血液循环，通过代谢到达肾脏，再由肾脏代谢到膀胱，最后经由尿液排出体外，则可呈现尿液发黑；

2、病理性原因：常见为血尿，当尿液颜色较深或发黑时，预示出血量相对较大。通过尿常规检查可以判断患者是否有血尿，若尿常规中红细胞水平超标，则确认为血尿。通常出血部位常见于肾脏、输尿管、膀胱及尿道，产生原因主要包括上述部位结石、炎症或肿瘤性疾病，还需通过尿常规中白细胞判断是否具有感染、炎症等现象。此外，根据CT、B超等影像学检查，判断泌尿系统是否存在结石或肿瘤。