血液滤过为血液净化的一种基本模式，基本原理为对流原理。所以在对流过程中，由于机理作用，会有大量液体作为置换液置换进入人体。故易出现内毒素引起感染发热，此为最常见的副作用。其次为此种对流模式易引起蛋白质或维生素丢失，也为最常见的副作用。

此外，血液滤过也容易引起低血压，但低血压相对于血液透析而言发生率比较偏低。因此，血液透析最常见的副作用为感染发热与蛋白质的丢失。针对以上两种情况，需在置换液进入体内后进行严格的内毒素清除。