肛瘘手术的复杂程度取决于瘘管位置、瘘管的复杂程度。具体如下：

1、高位复杂性肛瘘：手术创伤和复杂程度较大。许多肛瘘存在二次手术，甚至三次手术的问题，不确定的因素很多，此种属于大手术；

2、低位单纯性肛瘘：但是大多数肛瘘是低位单纯性肛瘘，手术的创伤不会特别大，有些人采用比较新的微创技术，创伤可能更小，此种属于小手术。

对于低位单纯性肛瘘的手术不能称为大手术，而对于高位复杂性肛瘘，手术难度相当高，需要具有一定年资的医生才能完成此种类型的手术。