尿中细菌高最常见的原因就是泌尿系统感染，由于细菌从尿道外口逆行感染到尿道或膀胱，储存在尿道和膀胱内，排尿时随着尿液排出体外，检查尿液中细菌数会超标。若患者还伴有尿频、尿急等临床症状，通常需要给患者进行抗感染治疗。
常用的对于泌尿系统感染的抗菌素，主要包括喹诺酮类药物，主要指的是沙星类药物，包括诺氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星等。还可以用头孢二代和头孢三代抗菌素，常用的头孢二代抗菌素主要是头孢呋辛，头孢三代抗菌素有口服的头孢地尼，还有静脉输液的头孢曲松、头孢哌酮等。
除此之外，还可以选择在膀胱和尿道内药浓度比较高的药物，比如常用的西药磷霉素氨丁三醇，还有老药呋喃坦丁。还可以采用清热、利湿、解毒的中成药，起到辅助治疗作用，比如癃清片、热淋清、泌淋清等药物，都可以起到辅助治疗作用。
如果尿中细菌数超标，最直接、最常见原因即泌尿系统感染，需要针对泌尿系统感染，进行抗感染治疗。
