CT和MRI(核磁共振)各有优点和不足，对头部疾病诊断价值各不相同。急性期颅内出血对CT检查敏感，可做出明确诊断，无需进行核磁共振。脑梗死时首先行CT检查可以明确，但在超急性期需行核磁共振检查。

头部外伤时CT是首选影像学检查方法，可以清楚显示颅骨骨折、脑挫裂伤、颅内血肿，但CT对弥漫性轴索损伤检查，检出敏感性较低，此时需要进行核磁共振明确诊断。

颅内肿瘤检查核磁共振具有明显优势，尤其是结合增强扫描，多种功能成像检查手段可以显示肿瘤形态、内部结构、侵犯范围、血供等多方面信息。

对于颅内炎症和脱髓鞘疾病，虽然CT平扫和增强扫描可以诊断部分颅内炎性病变，但核磁共振能更敏感显示炎症范围、炎症内部改变和周围组织改变，且可以清晰显示脱髓鞘疾病范围及病变发展阶段，所以即使进行了CT检查，还要进行核磁共振检查。