如果肛瘘过深，可能为了保护括约肌，可能会应用挂线的方法治疗。绝大多数人都可以承受此时的疼痛，不过对工作会造成一定影响。

对于肛瘘而言，如果无法找到合适的方法进行处理情况就会变得复杂。肛瘘主要的问题是如果之前进行过不当的处理时，可能会出现复杂肛瘘。并且有很多时候可能还不完全是肛瘘，可能还合并存在囊肿或者肿瘤等。