功能性胃肠疾病主要需与器质性疾病，特别是胃肠道肿瘤进行鉴别，如不明原因的消瘦、体重减轻、极度乏力、腹痛，不明原因的贫血、便血、呕血或不明原因的发烧、长期低热等，均需引起警惕，特别是年龄40岁以上的患者，需注意胃肠道肿瘤或其它部位肿瘤，要进一步完善相关检查。

建议患者到医院就诊，行血尿便常规、生化检查、消化道肿瘤标志物、影像学检查、内窥镜检查，甚至病理学检查，鉴别属于器质性疾病还是功能性疾病。器质性疾病属于哪一类型疾病，是消化性溃疡、肿瘤、慢性肝病、慢性胆囊炎或慢性胰腺炎等引起的继发性消化不良或肠道功能紊乱等疾病。