如果囊肿直径较大，通常采用手术的方式处理囊肿。腹腔镜下肾囊肿去顶术是较常用的手术方式，用于治疗肾囊肿。此手术需在全麻下进行，即患者在麻醉下进行此手术。麻醉以后患者通常会采取侧卧位，在腰部及腹部建立三个通道，分别放置内窥镜、超声刀、钳子。

通过内窥镜观察，通过超声刀和钳子的分离，明确囊肿位置，之后使用超声刀将囊肿最顶端的一层囊肿壁切除，将囊肿内液体完全放出，放出之后在残余囊肿壁内填充脂肪组织，此时手术基本完成。之后取出内窥镜、钳子、超声刀并关闭切口，采用丝线缝合切口，此时手术彻底完成。患者经历一周左右，伤口即可彻底愈合，拆线之后患者会达到痊愈。