肺鳞癌靶向治疗药物副反应与化疗相比较小。但靶向药物也存在不良反应，如EGFR-TKI类药物，主要不良反应为皮疹、腹泻，部分患者可出现肝功能损害。但大部分肺鳞癌不适合靶向治疗，肺腺癌患者较为适用，如EGFR突变可用EGFR-TKI治疗。

肺鳞癌极少数患者存在EGFR突变，此类患者除化疗、手术、放疗外可考虑靶向治疗，但肺鳞癌靶向治疗较少。肺鳞癌晚期患者，化疗及免疫治疗效果较差，可尝试第二代EGFR-TKI，如阿法替尼治疗。