吗丁啉和奥美拉唑都属于西药，区别主要是药理作用不同，所以化学结构和功效也不同，具体如下：

1、吗丁啉：药物的商品名，通用名是多潘立酮。多潘立酮属于外周多巴胺受体的阻滞剂，可以直接作用于胃肠壁，防止胃食道反流，增加胃蠕动、促进胃排空。所以可以有效改善，恶心、呕吐、消化不良等症状，但是通常不影响胃液和胃酸分泌；

2、奥美拉唑：属于PPI类的质子泵抑制剂，可以抑制胃酸分泌，有效缓解胃食管反流的症状。同时作为质子泵抑制剂，可以与铋剂、抗生素三联或者四联合用，进行根除幽门螺杆菌感染的治疗，通常需要4周左右的疗程。

所以这两类药，虽然都是治疗消化系统疾病的常用药，但是药物成分不同，所以治疗作用、临床适用症状也不同。建议在医生的指导下，合理使用药物，并且在使用过程中，需要密切监测不良反应。