培门冬酶常用于急性淋巴细胞性白血病，以及T细胞淋巴瘤的治疗，与过往常用的L-门冬酰胺酶相似。但L-门冬酰胺酶易过敏，不良反应较多，故用药前需做过敏试验。但仍然有少部分因为过敏问题发生危险，也可引起血糖、凝血因子、肝功能异常等变化。

而培门冬酶相应的不良反应更小，无需做皮试，目前替代L-门冬酰胺酶。且培门冬酶主要通过皮下注射的方式，用药也比L-门冬(酰胺)酶简单，无需每天用药，一般隔1周或2周应用1次。