新冠病毒检测基因阴性，是指进行新冠病毒全基因测序为阴性，对于新冠病毒检测分为两种类型，一种是对新冠病毒核酸检测，即对新冠病毒特异性RNA检测。第二种即进行全基因测序，全基因测序比核酸检测更加准确。当然进行全基因测序的实验方法，也比核酸检测要更加复杂。

新冠病毒基因检测阴性，通常指的是进行全基因测序后其检测结果为阴性，即进行检测时并没有发现新冠病毒存在，没有发现和新冠病毒基因有高度同源性，或有高度相似性的物质，即排除新冠病毒的存在。所以新冠病毒基因检测，是对新冠病毒病原的检测方法，与核酸检测同意是针对新冠病原的检测。