牙周脓肿一般是龈下菌斑引起，主要致病菌有牙龈卟啉单胞菌、中间普氏菌等。通常致病的细菌是厌氧菌，所以在治疗牙周脓肿时需要使用抗生素，如甲硝唑、替硝唑等抗厌氧菌抗生素。

细菌一般在正常人口腔内大量存在，但是如果没有龈下菌斑和牙石大量堆积，通常不致病。当大量牙结石不能得到有效清除时，这些细菌长期刺激牙周膜，会导致牙周脓肿发生。牙周脓肿是牙周炎进展的最后阶段，一旦得了牙周脓肿，牙齿表现出松动、伸长，部分牙齿可能无法保留，需拔除。