儿童癫痫的治疗方法较多，首先明确是全身性的发作还是部分性发作，根据不同的发作类型选用不同的药物。如为癫痫部分性发作，可选用奥卡西平，全身性发作可选用德巴金。儿童还可以选择生酮治疗、饮食方面治疗，在内科保守治疗无效的情况下应考虑外科治疗。外科治疗主要针对发病两年以上，经过2-3种抗癫痫药物的正规治疗仍然不能控制的癫痫。对于此类癫痫可以通过外科手术将皮质异位、灰质异位、皮质发育不良、脑血管畸形等相应结构处理完善。

若癫痫无法查明原因，发作较为严重，药物治疗无效，最新的办法是脑深部电刺激，通过脑起搏器刺激丘脑前核的深部、迷走神经，均为治疗难治性癫痫的治疗手段。