癫痫、大脑水肿、脑疝的发生属于脑炎里较严重的并发症，如果脑炎患者出现神经细胞大面积的损伤和水肿，患者可能出现昏迷，就是意识障碍。如果大量脑细胞因为损伤之后出现水肿，可能出现脑疝的风险，比如颞叶钩回疝，患者可表现为一侧瞳孔散大引起瞳孔不等大、对光反射消失等。如果整个大脑弥漫性水肿可能会造成枕骨大孔疝，这些是神经科比较危急、严重的症状。脑疝的发生有时候会影响人的呼吸和心跳中枢导致猝死，这是最严重的情况。

因为脑炎会使脑实质受累，所以患者可能出现严重的癫痫持续状态，就是大脑持续放电，也会造成大脑不可逆的损伤，癫痫以及全脑的弥漫水肿是脑炎比较严重的症状。

患者可能还会有轻度的神经系统受累症状，比如记忆力障碍、情绪改变、行为异常等也是脑炎常见的神经系统表现。总体来说，脑炎比较严重的情况是大脑弥漫性水肿引起脑疝可能会影响呼吸、心跳导致猝死。对于单纯疱疹性脑炎，如果引起持续的癫痫或癫痫持续状态，患者也可能出现长期的昏迷，即使昏迷醒来以后也会引起认知的障碍，因为大脑长期缺氧以后还会出现智力低下。