妥布霉素眼药水是外用的抗菌眼药水，功效与作用是适用于外眼及附属器官，敏感菌株感染局部的抗感染治疗。应用妥布霉素眼药水时，应注意观察细菌感染的控制情况。常见的不良反应包括眼局部的毒副作用与过敏反应，如眼睑发痒、红肿、眼部充血以及眼睛瘙痒、流泪增多等。

对本品过敏者以及对氨基糖苷类药物过敏的患者禁止使用，此外需要注意本品作为眼药水，仅供眼部局部使用，不可以用于口服或注射。部分患者可能会对局部给药的氨基糖苷类药物过敏，超敏反应的严重程度可能是局部的副作用，或是全身的反应，可以见到红斑、发痒、荨麻疹、皮疹等。如果用药过程中发生严重的超敏反应，应该停止治疗并对症处置。

此外和其他抗菌药物一样，长期使用妥布霉素眼药水，可能会导致非敏感性菌株过度生长，严重者可能会导致真菌感染。所以如果出现上述二重感染，应及时给予适当的治疗和处置。