小儿肝移植的方法与成人大致相同，即将患儿得病肝脏整体切除，替换捐献的肝脏，但是捐献肝脏的来源可能不同，捐献者可以是小孩，跟患者比较匹配，可以直接把捐献者小孩的整个肝脏给患儿移植。但是还有一种情况很常见，就是很难找到类似的与患儿体型配型很吻合的肝脏，可以用患儿父母捐献的部分肝脏，如左半肝或者某肝段为小孩做移植手术，孩子越小，需要的肝脏越少，捐献者捐出的肝脏就越小，基本上是这两种情况，一种是活体捐献者的肝脏，一种是尸体捐献者的整个肝脏。
小孩很常见的一种疾病叫做先天性胆道闭锁，这是由于小孩发育异常，出生后肝脏胆道未发育完全，胆汁完全蓄积在肝脏内，引起黄疸和肝硬化，这种情况下，可以先做葛西手术，又称肝肠吻合术来解决胆道问题，如果这个手术失败，患儿可能出现肝硬化，需要做肝移植，根据小孩的体型大小，可以选择父母捐献一部分肝脏或等待别的小孩爱心捐献的整个肝脏进行肝移植手术。