对于卵巢型的子宫内膜异位症，也就是卵巢巧克力囊肿，如果直径＞4cm，存在手术指征，这个时候可以考虑手术治疗，但是在手术前还要评估卵巢的功能。特别是如果进行第二次手术，而且还没有完成生育的妇女，应慎重选择是否进行第二次手术。因为卵巢子宫内膜异位囊肿剔除手术，不可避免的会造成卵巢组织的丢失，再加上内异症本身对卵巢功能的破坏，以及手术以后卵巢创面的炎症反应等，都会造成这种术后卵巢储备功能的降低。因此，不孕症患者腹腔镜手术前应该全面的考虑手术对卵巢储备功能的影响，避免盲目进行手术。

对于腹膜型的子宫内膜异位症，因为术前很难发现，通常是在不孕症的腹腔镜探查手术当中发现，此时可于术中行异位病灶的切除或者是电灼术。所以对于子宫内膜异位症是否需要手术，要根据临床的分型决定。卵巢型的要根据卵巢巧囊的大小，再根据患者的年龄，还有生育要求等综合评估，因此无法一概而论。