世界上第一例试管婴儿是在1978年的英国，经历30多年的时间，才给这个技术的创造者颁发诺贝尔奖。所以目前试管婴儿技术还是相对安全的技术，而对于试管婴儿出生的婴儿和正常自然受孕的婴儿，主要是关注出生缺陷、畸形率。目前对于这方面的报道也存在争议，根据统计显示，试管婴儿的出生缺陷或者是畸形率，不比正常受孕的婴儿要高，意味着这项技术目前是相对安全的技术。
另外在某些方面，试管婴儿反而能够减少遗传性疾病的发生。男女双方通过染色体检查发现染色体异常，或对于其它的遗传性疾病，可以通过胚胎种植前的遗传学诊断，也就是第三代试管婴儿排查遗传性疾病。对于发现胚胎染色体存在异常的胚胎，这部分胚胎并不进行胚胎的移植，所以遗传病的风险会减少。
