胃肠间质瘤是一种具有潜在恶变的疾病，复发率不能一概而论，要根据不同的危险度分级标准进行判断。对于部分低危患者，通过手术治疗以后，复发概率非常低，甚至于在手术以后无需通过相应辅助治疗来维持，只需长期随访即可维持。

对于部分高危患者，无论是做完手术还是出现复发，需要通过长期靶向药物进行治疗，部分患者因为各种因素无法进行辅助治疗，复发概率或风险会非常高。