早晨起来后嘴巴苦的原因很多，有可能是口腔局部感染所导致。还有可能是牙齿有牙龈炎、牙周炎、牙髓炎、根尖周炎、牙结石、牙菌斑，及食物嵌塞，都可能会导致口腔卫生环境较差，从而出现嘴巴发苦。

对于睡眠呼吸暂停低通气综合征的患者，可能由于张口呼吸，以及气道相关异常，而导致嘴巴苦。对于胃肠道疾病患者，及消化不良患者，可能会表现出早上起来以后嘴巴苦。另外对于肝脏疾病患者，或全身系统性疾病的患者，也可能会出现起床后嘴巴苦。

具体原因建议患者尽早到正规医院的口腔科，及中医康复科，以及其他相关科室进行检查，给予诊断。找到病因后，针对病因给予针对性治疗，可以将问题解决。