导致小儿尿道下裂发生的原因很多，主要包括以下几方面：

1、胚胎因素，原始性腺形成以后，胚胎睾丸要分泌雄激素跟苗勒氏管抑制物质，大概在胚胎第8周进行分化，尿生殖窦进行分离。如果在此过程当中尿道闭合不完全，通常会发生尿道下裂；

2、基因遗传，通常与多基因遗传有关，重度尿道下裂患者需做基因检测，明确是否有基因发生突变；

3、其它因素，如环境中雌激素含量、父母双方是否属于大龄、有没有保胎情况、是否是低出生体重儿等。