急性细菌性心内膜炎需及早治疗，采取有效抗生素治疗是治愈本病最根本因素。一般选用大剂量青霉素、链霉素、头孢菌素等杀菌剂，并维持血液中有效血药浓度。药物可穿透血小板纤维素赘生物，杀灭赘生物中的纤维蛋白和血栓，掩盖表面细菌达到根治瓣膜感染、减少复发的危险。

药物治疗无效时患者应选择外科手术治疗，凡出现瓣膜功能减退或不易纠正的心力衰竭、持续脓毒血症及赘生物栓塞，均属于手术治疗指征。