畸胎瘤的治疗手段主要是手术治疗，分为微创腹腔镜手术和开腹传统手术两种方式。多数情况下，良性畸胎瘤可以选择微创，如果术前考虑可能为恶性或微创手术难以完成，才选择开腹手术。除手术治疗以外，如果畸胎瘤小于五厘米，生长速度缓慢，常年变化较小，完全没有临床症状，可以保守观察。

但目前无任何药物能够治疗畸胎瘤，保守治疗期间需要定期随访。因为畸胎瘤一般不会变化，如果定期随访过程中畸胎瘤增大，尤其是绝经以后妇女出现畸胎瘤，建议进行手术。