肛门囊肿的这种说法不是十分规范，一般将其称为肛门脓肿或者肛周脓肿。肛周脓肿以肛窦炎开始，肛窦发育时长的比较深，每个人的肛管里都有肛窦，肛窦向上生长，大便向下，如果肛窦比较深，肛窦内会存有一部分粪便。一般情况下粪便可以排出，如果肛窦比较深，粪便无法及时排出，此时细菌滋生会引起肛窦炎。如果这时还没有及时处理，会进一步加重，会形成肛周脓肿。

当然肛周脓肿也有其他原因，比如外伤，外伤也可以引起感染，因此要根据脓肿位置和不同的原因，选择不同的治疗方法。