肛门囊肿常指肛周脓肿，囊肿和脓肿是两种情况，囊肿是内部包裹性积液，而脓肿是感染病灶，属于两种完全不同的情况。如果脓肿位置很高，对于这种脓肿往往要采取引流的方法。当然在必要的时候，还可以采取冲洗引流的方法，主动进行冲洗引流，脓肿一般也会自愈。

如果是在齿状线以上，中间组织有一定的含有括约肌，这时不可直接离断，否则会导致大便失禁，这时在切开引流的同时，一般会进行挂线治疗。挂线的目的是引流，形成慢性的切割作用，而这种慢性的切割可以避免导致大便的失禁。如果位置更低，此时可以进行扩大的创面的引流，一般通过术后的坐浴、护理，可以使其愈合。