幽门螺杆菌可以通过胃镜诊断。胃镜检查时，如果需要检查幽门螺杆菌，往往有两种方法。在胃镜下进行标本的取材，做快速尿素酶试验，是指把标本放到白色的小纸片上观察一段时间，如果纸片变色，提示有幽门螺杆菌感染，又称为快速尿素酶试验。另外一种方法，是把胃镜下取材的标本染色后在显微镜下观察有没有小的、弯曲的、杆状的幽门螺杆菌形态存在，如果显微镜下发现上述形态，可以诊断有幽门螺杆菌感染。
还有一种方法，要求比较高，可以在胃镜下明确幽门螺杆菌，但往往用在科研时，也是在取材后进行特殊环境下的幽门螺杆菌培养，可以明确有无幽门螺杆菌存在。