功能性胃肠病的治疗方法如下：

1、功能性胃肠病是功能性疾病，患者需对功能性胃肠病有充分认识，仅影响生活质量，不会造成其它影响；

2、患者要知道功能性疾病与肠道菌群失衡有相关，所以要重视肠道菌群的影响，需进行肠道菌群改善；

3、根据具体不同症状，如腹痛可服用止痛药，腹泻服用止泻药，这样可减少患者的疾病的发作频率，从而治愈疾病。