多数肝内胆管结石手术不用切肝。如果结石局限在肝门胆管或者某一肝段、肝叶胆管中，经肝门胆管切开以后，使用胆道镜进入扩张的胆管，把结石取出，可以保住正常肝组织。因为切肝本身有手术创伤，而且患者肝组织缺失对预后有影响，因此此时尽量避免切除肝脏。

但是，有些结石在很深的肝实质内，或者局限在比较大的肝段或者肝叶胆管，肝脏有明显萎缩，此时需要切除部分肝组织，才能将胆管显露出来，将结石取出。