肾结石术后出现小便疼痛、血尿的情况，具体原因如下：

1、肾结石手术过程中一定程度上损伤肾脏、肾盂、输尿管、尿道黏膜、肾实质等，所以可能有出血。如果损伤尿道，小便时可能会出现疼痛；

2、逆行输尿管镜、经皮肾镜术后，体内会放置输尿管导管，称为双J管，导管与膀胱黏膜膜、肾脏黏膜、输尿管黏膜摩擦后也会出现血尿，甚至伴随疼痛；

3、术后有些患者可能出现感染、结石残留，结石排出过程中会出现出血、排尿痛。