血液滤过和血液透析作用原理不同，血液透析是经弥散作用清除小分子毒素，如血液和透析液经过半透膜介入，血液内侧毒素浓度较高，接触过程中，毒素从浓度高的血液一侧向浓度低的一侧弥散流动，清除小分子毒素；而血液滤过通过强行拉水，将溶解在水中的毒素一起拉出去，所以两种治疗的作用原理不同。

其次，血液滤过和血液透析所用滤过膜孔径不同。血液透析孔径相对较小，血液滤过膜孔径相对较大，所以血液透析滤过小分子毒素，而血液滤过可以将中分子毒素清除出去。两者之间价格不同，血液滤过价格较昂贵，而血液透析价格相对便宜。血液滤过需要置换液，因为强行拉水后脱水较多，所以要补充水分以及有用物质。

目前，血液透析和血液滤过同时做，称为血液透析滤过，既可以清除中分子物质，也可以清除小分子物质。