肛瘘手术有微创，在临床上，肛瘘的患者可以进行微创的手术治疗，但也需要有严格的手术适应证。微创的手术治疗有肛瘘栓、蛋白的粘堵、经过括约肌间瘘管的结扎术、黏膜瓣的推移等。

1、肛瘘栓：使用猪小肠上皮制成的栓剂缝合内口，可以完整地保护括约肌，但费用较为昂贵，术后复发率较高，成功率比较低。目前的文献上反应其成功率只有46%，应用的范围比较小；

2、蛋白粘堵：通过蛋白胶粘堵瘘管，存在一定的难度，成功率相对也比较低，目前还处于一种研究阶段；

3、经过括约肌间瘘管的结扎术：曾经广泛应用于欧美国家，国内也有一定范围的应用，也存在复发的可能；

4、黏膜瓣推移：婴幼儿肛瘘患者可以进行该项治疗，从而更好的保留括约肌；

5、其他：如雷射的激光切除瘘管、肛瘘镜等，都是肛瘘的微创手术治疗方法。

但是，目前所有的微创治疗成功率都较低，复发率较高。所以，对于肛瘘建议还是进行根治性的瘘管切除，患者才能达到彻底治愈，复发几率才会比较低。